Kamu İhale Kanunu çeşitli konularda istisnalar düzenlemiştir. Ancak herhangi bir konuda istisna getirilmesi idarelerin o alanda bir kurala bağlı olmadan alım yapabilecekleri anlamına gelmemektedir. Nitekim istisna alımlarının birçoğu için Yönetmelik düzeyinde düzenlemeler yapılmıştır. Dolayısıyla bu alımlar için yapılacak hukuki değerlendirmelerde ilgili mevzuatına bakmak gerekecektir.
İstisna ihalelerinde ikincil mevzuat olmasa dahi kamu mali yönetiminin genel ilkelerinin gözetilmesi gerektiği de açıktır. Bu nedenle de önemli kamu kaynaklarının harcanacağı ihalelerin ilan yoluyla duyurulması, rekabetçi ve eşitlik ihale dokümanı düzenlemeleri ile nesnel teklif değerlendirmesi yapılması önemlidir.
Herhangi bir idare veya alım türü için istisna düzenlemesi bulunmasına rağmen alımın 4734 sayılı Kanun kapsamında yapılmasının mümkün olup olmadığı tartışmalı bir konudur. Bu konunun açık bir yanıtı olmamakla birlikte istisna düzenlemesi ve kamu ihale uygulamaları çerçevesinde değerlendirildiğinde, herhangi bir idare veya alım türünün Kanundan istisna edilmesinin, ilgili konu için Kanunun belirlediği usul ve esas kurallarına uyma zorunluluğunu kaldırdığı, idarelerin o işe özgü mevzuat çerçevesinde alım yapabilecekleri, ancak yine idarelerin Kanunun 5’inci maddesinde düzenlenen ilkeler çerçevesinde alımlarını Kanun kapsamında da yapabilecekleri, dolayısıyla istisna düzenlemesinin bir yükümlülük değil seçimlik hak olarak değerlendirilmesi gerektiği değerlendirilmektedir. Ancak alımın niteliği gereği Kanun kapsamına almanın ilgili diğer mevzuata aykırı olma olasılığı da vardır. Örneğin gizlilik içinde yürütülmesi kolluk mevzuatı gereği zorunluluk olan bir ihalede ilgili hizmet bilgilerinin ihale dokümanıyla kamuya açılması hukuka aykırı olabilecektir.
Son olarak, bir ihale Kamu İhale Kanunu'ndan istisna edilse de ihaleyi yapan idarenin bir idari işlem tesis ettiği, süreç sonunda imzalanan sözleşmenin de bir kamu ihale sözleşmesi olduğuna kuşku yoktur. Bu nedenle de ihale sürecindeki işlemler idari yargı; sözleşme sürecindeki işlemler adli yargıda dava konusu edilebilir.