Kamu İhale Kanunu'yla ilgili en tartışmalı konulardan bir tanesi istisnaların büyüklüğüdür. Kanun metni çok fazla istisna barındırmakla ve istisnaların giderek genişlemesiyle eleştirilmektedir. Kamu İhale Kurumu verilerine göre istisna alımları toplam kamu alımlarının yüzde 8’ine karşılık gelmektedir. Ancak burada dikkat çeken konu, Kamu İhale Kurumu verilerinin sadece Elektronik Kamu Alımları Platformuna girilen ve 4734 sayılı Kanunda düzenlenen istisnaları içerdiğidir. Anılan platformu kullanma zorunluluğu sadece Kanun kapsamı için getirildiğinden istisna istatistiklerinde sapma bulunması beklenebilir.
Kanun kapsamı beş bent halinde düzenlenmesine rağmen istisnalar, otuz bentten fazladır. Buradaki önemli farklılık, kapsamın organik açıdan belirlenmiş olmasına rağmen, istisnaların işlevsel açıdan sayılmasıdır. Daha açık bir ifadeyle kapsam tanımı yapılırken bütçe ve idare temelli bir ayrım yapılmışken istisna tanımı yapılırken konu temelli bir ayrım tercih edilmiştir. Bu da sayının yüksek olmasındaki önemli etkenlerden birisi olarak değerlendirilebilir.
İstisnalarla ilgili dikkat edilmesi gereken bir diğer konu bu düzenlemelerin kamu ihale sürecindeki iş ve işlemler içermesidir. Yasaklamaya ilişkin Kanun düzenlemeleri bu madde kapsamında yapılacak alımlarda uygulanır.
Kamu İhale Kanunu'ndan istisnalar değerlendirilirken sadece 4734 sayılı Kanun'a bakmak yeterli değildir. Bu kanunda düzenlenenlerin yanı sıra diğer Kanunlarda da istisna düzenlemeleri vardır. Her ne kadar 4734 sayılı Kanun, kendisindeki değişikliklerin ancak bu Kanuna hüküm ekleme veya çıkarma yoluyla yapılacağını düzenlemişse de yasa koyucu bu kurala çok fazla uymamıştır.
Kamu İhale Kanunu'ndaki istisnalar Kanunun 3’üncü maddesinde düzenlenmiştir. Diğer istisnaların listesini toplu biçimde bulmak mümkün değildir. Ancak ilgili mevzuat dizinlerinde yapılacak taramalarla bu bilgilere ulaşılabilir. Örneğin 5523 sayılı Türkiye Yatırım Destek ve Tanıtım Ajansı Kurulması Hakkında Kanunun 11 inci maddesinde Türkiye Yatırım Destek ve Tanıtım Ajansının görevleri kapsamındaki faaliyetlerle ilgili olarak araştırma, etüd ve proje hazırlama ve diğer işlerin, hazırlanacak yönetmelikteki esaslar çerçevesinde sözleşme ile Türk veya yabancı gerçek ve tüzel kişilere yaptırılabileceği düzenlenmiş, aynı Kanunun 14 üncü maddesinde Kanunun uygulanmasında 4734 sayılı Kamu İhale Kanunu hükümlerinin uygulanmayacağı; 5449 sayılı Kalkınma Ajanslarının Kuruluşu, Koordinasyonu ve Görevleri Hakkında Kanunun 27 nci maddesinde, Kalkınma Ajansının 4734 sayılı Kamu İhale Kanunu hükümlerine tâbi olmadığı hükme bağlanmıştır.
Herhangi bir alımın Kanun'dan istisna olması idarelerin dilediği kişiyle dilediği şartlar altında sözleşme imzalamasına izin vermez. İstisna olunması sadece Kanun kurallarına yöneliktir. Dolayısıyla istisna ihalelerinde idare hukukunun genel kurallarının geçerli olduğu ve idarelerin bunlara uymak zorunda olduğu unutulmamalıdır.